Il borgo di San Pancrazio sorge su un contrafforte dei monti di Palazzuolo, fra la Val d'Ambra e la Val di Chiana. Nel giugno 1944, fu una delle località travolte dalla risalita verso nord delle truppe tedesche che vi compirono una delle stragi più drammatiche della regione.

Dopo aver ucciso numerosi civili nella vicina Civitella in Val di Chiana e nella frazione Cornia, lo stesso 29 giugno, giorno dei S.S. Pietro e Paolo, i militari nazisti si spostarono a San Pancrazio, dove arrivarono tra le 5:30 e le 6:00 del mattino: gli abitanti furono fatti uscire dalle case e gli uomini radunati nella piazza della chiesa fino al primo pomeriggio. Poi, i tedeschi iniziarono a incendiare le case mentre gli uomini rastrellati vennero trasferiti nel vicino palazzo podestarile, allora Fattoria Pierangeli. Nella ziraia del piano terra ‒ la stanza per la conservazione degli ziri, ossia gli orci di terracotta che contenevano l’olio ‒ vennero ammassati sessanta uomini, tra cui anche il parroco Don Giuseppe Torelli. Furono tutti uccisi con un colpo di pistola alla nuca nelle cantine del palazzo. Altri uomini erano già stati uccisi nelle varie case e nelle campagne intorno durante il rastrellamento: le vittime del massacro di San Pancrazio, in totale, furono 73.

Da molte delle testimonianze rilasciate durante le varie inchieste, si deduce che i soldati tedeschi erano giunti dalla direzione di Monte San Savino, dove, presso villa Carletti, era stato posto il comando della Feldgendarmerie e dove gli stessi fecero ritorno al termine del massacro. Essi indossavano tutti le divise grigio azzurre della Divisione ‘Hermann Goering’, l’unica unità militare tedesca dislocata nella zona collinare della Val di Chiana.
Sembra che all’azione abbiano partecipato in totale circa duecento militari: nei piani nazisti, essa avrebbe dovuto contribuire a ridurre l’attività partigiana e ad arrestare l’avanzata degli alleati o comunque a rallentarla, permettendo il completamento della Linea Gotica cui si lavorava da mesi, ma che ancora non era stata ultimata.