Nel giugno 1944, San Pancrazio fu una delle località travolte dalla risalita verso nord delle truppe tedesche che vi compirono una delle stragi più drammatiche della regione.

Dopo aver ucciso numerosi civili nella vicina Civitella Val di Chiana e nella frazione Cornia, lo stesso 29 giugno i militari nazisti si spostarono a San Pancrazio, dove arrivarono tra le 5.30 e le 6.00 del mattino: gli abitanti furono fatti uscire dalle case e gli uomini radunati gli uni nella piazza della chiesa fino al primo pomeriggio. Poi, i tedeschi iniziarono ad incendiare le case mentre gli uomini rastrellati vennero trasferiti del vicino palazzo podestarile, allora Fattoria Pierangeli. Nella ziraia del piano terra ‒ la stanza per la conservazione degli ziri, ossia gli orci di terracotta che contenevano l’olio ‒ vennero ammassati sessanta uomini, tra cui anche il parroco Don Giuseppe Torelli. Tutti, poi, furono uccisi con un colpo di pistola alla nuca nelle cantine del palazzo. Altri uomini erano già stati uccisi nelle varie case e nelle campagne intorno durante il rastrellamento, quindi le vittime del massacro di San Pancrazio, alla fine, furono 73.